Genome sequencing biedt inzichten in de oorsprong en virulentie van virusstammen. Professor Dr. Hans Nauwynck van Universiteit Gent ziet deze techniek als een onmisbare tool om dierziektes onder de controle te houden. Op de HIPRA Varkensproeverij, gehouden op 12 september in Valburg legde hij deze techniek uit aan de hand van het PRSS-virus.
Full genome sequencing is een techniek waarbij het genetische pakket van virusdeeltjes tot op het kleinste niveau wordt uitgeplozen. Aan de hand van deze informatie wordt een zogenoemde fylogenetische stamboom opgezet, waarin het verwantschap tussen virussen duidelijk wordt. Virussen die dichtbij elkaar liggen zijn grotendeels verwant, terwijl virussen uit een andere tak van de boom duidelijk een ander DNA-pakket hebben.
Dit onderscheid geeft informatie over de herkomst van een virus. “Wanneer je eerder een PRRS-uitbraak op je bedrijf hebt gehad, is het niet raar als je enkele jaren later een virusstam uit hetzelfde ‘blad van de boom’ vindt. Het virus heeft zich dan waarschijnlijk geëvolueerd, maar blijft relatief stabiel.”
“Maar komt een virus uit een andere tak, dan moeten alle alarmbellen afgaan, want heb je waarschijnlijk te maken met insleep van een nieuwe stam.” Deze kennis heeft duidelijke gevolgen voor het verdere behandelplan.
In een fylogenetische boom liggen verwante virussen dichtbij. Zo liggen PRRSV1 subtype 2 en 3 dichtbij elkaar (onderaan), terwijl dit virus ver weg ligt van het Lelystad virus (LV) (bovenaan). Bron: Presentatie Professor Dr. Hans Nauwynck, HIPRA Varkensproeverij 12 september 2024.
Insleep van PRRS
Bij PRRS1 wordt volgens Nauwynck veruit de meeste insleep van nieuwe virusstammen veroorzaakt door de aankoop van gelten of via sperma. Een andere mogelijkheid is via transport en bezoekers op het bedrijf. Biosecuritiy is dan ook een belangrijk onderdeel van PRRS-preventie.
“Ik adviseer bij een positieve PCR-test op PRRSV1 bij nieuw aangevoerde dieren om meteen genome sequencing te doen. Als je de stam weet, kun je bewust kiezen of je deze nieuwe stam toelaat op je bedrijf. Zo voorkom je een mogelijke virusuitbraak.”
Op PRRS-vrije bedrijven adviseert de professor om positieve varkens meteen af te voeren. Op bedrijven met een PRRS-geschiedenis is quarantaine een mogelijkheid, maar hier is Nauwynck geen voorstander van. “Want dan haal je alsnog een probleem in huis.” Daarnaast speelt vaccinatie een belangrijke rol om immuniteit te creëren.
Eigenschappen van het virus
Daarnaast geeft genome sequencing informatie over de eigenschappen van het virus. Met deze informatie kunnen onderzoekers in de toekomst virulente stammen van elkaar onderscheiden. Dit geeft inzicht in de vermeerdering van het virus en de pathogeniteit, oftewel de ernst van het ziektebeeld.
Ook kunnen met deze techniek interessante gebieden in het genoom worden geselecteerd, die verantwoordelijk zijn voor de intrede van een virus in een lichaamscel. Vervolgens kan met antistoffen worden gekeken of dit proces kan worden geremd. Met deze informatie kunnen in de toekomst nieuwe ingangen voor vaccins worden gecreëerd.
Op dit moment wordt genome sequencing nog niet op veel bedrijven toegepast. “Maar wat er nu nog niet is, zal in de toekomst zeer zeker zo zijn”, aldus professor Nauwynck.
Tekst: Kim Sjoers
